Nguyên nhân của bệnh đau mắt đỏ là do virus Adenovirus hoặc do nhiễm trùng nhưng đa phần là do virus. Trong đó 65%-90% nguyên nhân là do virus Adenovirus, ngoài ra có thể là virus Enterovirus[13]. Đau mắt đỏ cấp do virus gặp sau khi bị sốt virus, viêm phổi cấp hoặc sau sởi, hoặc bị nhiễm virus simplex hoặc herpes zoster. Đau mắt đỏ do vi khuẩn gây ra như liên cầu, tụ cầu, phế cầu, với những trường hợp đau mắt do virus, có thể lây qua nhiều đường nhưng đặc biệt nguy hiểm và nhanh nhất là lây qua hệ hô hấp.

Đau mắt đỏ do lậu gặp ở trẻ sơ sinh do lây truyền từ mẹ sang con là một bệnh rất nguy hiểm có thể gây biến chứng nặng nề nếu không được điều trị kịp thời. Bên cạnh đó, thời tiết nắng nóng chuyển qua mưa, độ ẩm không khí tăng cao, môi trường nhiều khói bụi, điều kiện vệ sinh kém, sử dụng nguồn nước ô nhiễm là điều kiện thuận lợi cho bệnh phát triển và bùng phát thành dịch, khi giao mùa, cơ thể con người, nhất là những người nhạy cảm với thời tiết, dễ mệt mỏi, hệ thống miễn dịch hoạt động yếu nên virus tấn công dễ dàng hơn[12].

Bệnh đau mắt đỏ không lây khi nhìn nhau. Trung gian truyền bệnh chính là nước mắt của bệnh nhân đau mắt đỏ do nước mắt này có chứa virus. Bệnh đau mắt đỏ lây qua những hạt tiết tố nhỏ li ti, khi bệnh nhân ho hoặc nhảy mũi và qua những vật dụng nhiễm nguồn bệnh (nắm tay cửa, điện thoại, khăn...) đồng thời qua nước bị nhiễm khuẩn (ví dụ như nước hồ bơi)[9]. Bệnh đau mắt đỏ rất dễ trở thành dịch và khả năng lây lan do tiếp xúc trực tiếp với người bị bệnh qua nhiều đường như hô hấp, nước bọt, qua tay, qua cầm nắm chạm vào những đồ vật, đồ dùng cá nhân của nguồn bệnh như khăn mặt, chậu rửa mặt hay lây qua thói quen hay dụi mắt, sờ vào mũi, vào miệng[8][14] Công sở, lớp học, nơi công cộng là những môi trường khiến bệnh lây lan rộng rãi.[12]